Schon im Jahre 1040 bestand eine kleine Kapelle als „Filialkirche“ der Pfarre Kapelln (heute Nachbarpfarre.
Über die Bauzeit der Kirche ist wenig bekannt, eingeweiht wurde sie von Bischof Petrus von Passau am Sonntag, den 21. April 1269 zu Ehren der Heiligen Simon und Judas Thaddäus .
Durch die Reform Kaiser Josef II. wurde am 1. November 1783 die Filialkirche Weißenkirchen von der Mutterpfarre getrennt, zur selbständigen Pfarre erhoben und mit einem eigenen Seelsorger versehen.
Das im Kern mittelalterliche Gotteshaus erhielt seine heutige Form durch die späteren Umbauten, 1736, nach 1817 und nach 1945.
Nach dem Brand vom 24. Juli 1817 wurde das Langhaus gegen Osten in der ganzen Breite um das Chorjoch erweitert, Der Turmhelm wurde gegen Ende des2. Weltkrieges, in einer der letzten Panzerschlachten im Perschlingtal heruntergeschossen und nach Kriegsende verkürzt ( von 15 m auf 9 m ) wieder aufgesetzt.