Bereits zu Beginn des 13. Jhd. stand an der Stelle der Garnisionskirche eine romanische Burgkapelle, deren Schutzpatron der Heilige Georg war. Um 1515 existierte auf dem Königstein ein Cölestinerkloster, wozu man die vorhandene Burgkapelle im spätgotischen Stil umbaute. Seit dem Ausbau der Burg zur Landesfestung diente die Kirche als Garnisionskirche, u.a. musizierte hier auch der Dresdner Hofkapellmeister Heinrich Schütz mit seiner Dresdner Hofkapelle. Es erfolgten mehrere Renovierungen und Anbauten; 1687 ehielt der Turm drei Glocken, welche aus dem Glockenspiel des Dresdner Schlossturms stammen. In den 1990-er Jahren wurde die Kirche umfassend saniert und das Innere restauriert. Heute finden kirchliche Eheschließungen in der Kirche statt.